礼部主事萧仪的奏本送到御前，他认为：三大殿遭受雷击是因为迁都的缘故。把国都从南京迁来北京，不但诸事不便，就连大明的皇脉也撂在江南。这是大不敬的事
永乐十九年旧历四月的一天深夜，北京城突然风雨大作，夹杂着阵阵惊雷。新修成的奉天、华盖、谨身三大殿因雷击起火，化为灰烬。
朱棣心中顿时升起不祥之感。在科学尚不发达的古代，天人合一这一哲学命题，被强调到绝对的地步。地震、灾害、雷击等等自然现象，都被看成是执政者的失误而带来的。“上天示警”是一个严重的问题。它的严重性在于：第一，只有统治者出了问题，老天爷才会震怒。所谓“天怒人怨”，便是这个道理。第二，统治者并不知道自己的失误在哪里，这就需要有智慧的人站出来为其指点迷津。鉴于此，朱棣立刻下诏求言。也就是说，他希望朝野明智之士为他找出雷击三大殿的原因。
很快，礼部主事萧仪的奏本送到御前。这位六品官员（相当于今天的司局级）认为：三大殿遭受雷击是因为迁都的缘故。把国都从南京迁来北京，不但诸事不便，就连大明的皇脉也撂在江南。这是大不敬的事。
朱棣看过奏本，震怒异常，他认为萧仪把迁都与雷击三大殿联系起来，完全是蓄意诽谤。因此他几乎在第一时间内就作出了决定：命令锦衣卫将萧仪抓进北镇抚司大牢，不作任何审讯，就以“谤君之罪”处以极刑。
事情还没有完，萧仪的观点在官员中仍有不少市场。同情他的官员多半是科道言官。科指六科，道指十三道。六科是对应吏、户、礼、兵、刑、工六部成立的，是稽查六部的监察部门。六科编制是四十人，每科的负责人称为都给事中，正七品。余者都称为给事中，正八品。十三道是对应全国各省，当时全国只有十三个省。十三道御史统归都察院管辖，御史的官阶同给事中差不多。两个衙门类似于今天的监察部和审计署，级别却要低得多。比之于今天，科道言官的级别也仅仅是县处级而已。但科道言官的权力很大，在明代，位居二品的六部尚书遭言官弹劾而受到惩处的不胜枚举。
明代的官场，有两种经历的人升官比较容易。一是在翰林院呆过，二是当过科道言官。由翰林院而入内阁当辅臣，由言官而晋升为封疆大吏或方面重臣。
科道言官，一般都从年轻官员中选拔，这些人初涉仕途，尚不致沾染太多的官场恶习，担任言官敢于弹劾不法权贵，因此历代皇帝对言官颇为倚重。
但这次恰恰相反，对朱棣的迁都持异议的，多半是言官，而部院大臣都是坚定的迁都派。这是因为朱棣从侄儿建文帝手中夺取皇位后，对建文帝时的朝廷大臣作了一次彻底的清洗。经过二十余年的筛选过滤，现在的部院大臣，大部分都是“靖难功臣”，他们也都成为南方士族的仇人，因此利益上与朱棣是一致的。
言官们都很年轻，与朱棣的“靖难”无关，因此他们更多的是就事论事，认为皇上“轻去金陵，有伤国体”。朱棣对这些言官非常恼火，但不能像对待萧仪那样，一概杀之。他于是心血来潮想出一个办法，让这些科道言官与部院大臣一起到午门外跪下对辩。迁都究竟好不好，让双方各抒己见。
当其时，正是“清明时节雨纷纷”的时候，午门外的广场上，言官与大臣分跪两边，个个都淋得落汤鸡似的，但谁也不觉得尴尬，也不觉得侮辱。他们争论得面红耳赤，一天没有结果。朱棣让他们第二天再来午门下跪辩论。雨还在不紧不慢地下着，朱棣在城楼上不愠不火地看着。官员们冒雨下跪，不依不饶地争论着。这场景看起来有点滑稽，然而中国的中世纪的政治，便是在这种滑稽中有条不紊地进行着。
朱元璋于1368年创立大明王朝，虽然定都南京，但似乎从一开始，朱元璋就觉得南京不是很合适。因为它偏安江南，对控制辽阔的北方十分不利。洪武元年，朱元璋下了一个诏书，言道：“江左开基，立四海永清之本；中原图治，广一视同仁之心。其以金陵、大梁为南、北京。”大梁即今天的开封。朱元璋出于战略考虑，提出设南、北两个都城。还有一说就是袭汉唐的旧制，将长安（今西安）列为都城。朱元璋觉得自己年事已高，完成不了首都北迁的任务，便将希望寄托在懿文太子身上。谁知懿文太子早夭，定都关中的计划落空。方孝孺的《懿文皇太子挽诗》写道：“相宅图方献，还宫疾遽侵……关中诸父老，犹望翠华临。”讲的就是太子曾去西安做迁都前期筹备工作的事。
自秦开始，中国历朝的首都，大都建在北方。宋之前，长安、洛阳、开封都曾做过都城。其中以长安的时间最长。南方如金陵、杭州、扬州等处，亦曾做过都城。奇怪的是，在南方建都的王朝，大都短命。而都于北方者，大都国祚长久。这皆因在漫长的历史中，以农耕文化为主的汉文明，始终受到北方少数民族游牧文化的冲击。在冷兵器时代，汉人的温文尔雅怎抵挡得住“胡人”的铁马金戈。建都北方，主要是为了抵御异族的入侵。
朱元璋灭元之后，却没有将元大都也就是今天的北京直接定为首都，仍然选中金陵营造他的皇城。这大概是因为朱元璋出生淮右，而且骨子里头视“胡元”为异端，因此对元朝的都城从感情上厌恶。但是，从洪武二年起，他就对定都金陵产生了动摇。
朱元璋的迁都念头，虽然从没有打消过，但也从来没有真正实行过。为解决西北和东北的异族入侵，他不是采取迁都北方就近指挥防御的办法，而是改用“封王”制，即把自己的儿子分封到北方各边，担负起剿抚夷狄的任务。关于这件事，郑晓的《今言》有载：
国初都金陵。以西北胡戎之故，列镇分封，似乎过制……今考广宁辽王、大宁宁王、宣府谷王、大同代王、宁夏庆王、甘州肃王，皆得专制率师御虏。而长陵时在北平为燕王，尤英武。稍内则西安秦王、太原晋王，亦时时出兵，与诸藩镇将表里防守。
北方，包括东北和西北，都有虏患。朱元璋于此分封九个儿子，统兵御虏。天下的军权，多半都在自己的儿子们手上，所以，生性谨慎的郑晓也微讽“似乎过制”。这九位亲王，都曾经与虏敌交过手。但真正对稳定北方控制强虏起到决定性作用的，还是时为北平燕王的朱棣
朱棣是朱元璋的第四个儿子，在朱元璋的二十六个儿子中，他是最能干的一个。北京之所以成为明朝的首都，清朝继之，中华人民共和国又继之，其发脉者，就是这个朱棣。
朱棣十一岁被封为燕王之后，朱元璋安排他同另外几个未成年的藩王一道回到老家凤阳读了几年书。他二十一岁就藩，所谓就藩，就是前往分封地居住。朱棣到了北平后，经常率兵从这里出发，到东北或西北与“戎虏”作战。多年的沙场生涯，培植了他君临天下的胸襟。他的父亲朱元璋驾崩之后，传位于太孙朱允炆，是为建文帝。这位年轻人斯文儒雅，但缺乏谋略与胆气。俗话说“秀才造反，三年不成”，秀才治国，同样也会弄出纸上谈兵的悲剧。因此，朱棣对侄儿登基后的所作所为，不但嗤之以鼻，而且深为不满。传说朱允炆即位的第一年冬天，朱棣在北平的燕王府邸大宴宾客，其时天寒地冻，朱棣出一上联让人对：“天寒地冻，水无一点不成冰。”在座的姚广孝应声而对：“国乱民愁，王不出头谁是主。”这好比挠痒痒挠到了正处，一直有夺位之心的朱棣听罢大喜，便暗地里进行着夺位的准备。
不管怎么说，朱棣夺位是为“篡”，情形与唐太宗李世民的“玄武门之变”差不多，但朱棣给自己篡位下的定义是“靖难”。那些跟着他从北平打到南京的将佐，个个都变成了靖难功臣。
朱棣夺位成功，改年号为永乐。在其执政期间，做了几件大事。如派遣太监郑和下西洋，编纂《永乐大典》等，还有一个最大的政绩，便是迁都北京。
